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通常我們建議抗原多肽的序列長(zhǎng)度在8-20個(gè)氨基酸殘基之間，如果太短，就有多肽太特殊、所產(chǎn)生的抗體與天然蛋白之間的親和力（結(jié)合能力）不夠強(qiáng)的風(fēng)險(xiǎn)，同樣，如果序列長(zhǎng)度超過(guò)20，將有可能引入二級(jí)結(jié)構(gòu)，所產(chǎn)生的抗體失去特異性的可能，而且肽鏈越長(zhǎng)，通常合成難度增大，不易獲得高純度的產(chǎn)品。

多肽固相合成法是多肽合成化學(xué)的一個(gè)重大的突破。它的最大特點(diǎn)是不必純化中間產(chǎn)物，合成過(guò)程可以連續(xù)進(jìn)行，進(jìn)而為多肽合成的自動(dòng)化奠定了基礎(chǔ)。目前全自動(dòng)多肽的合成，基本都是固相合成。其基本過(guò)程如下： 基于Fmoc化學(xué)合成，先將所要合成的目標(biāo)多肽的C-端氨基酸的羧基以共價(jià)鍵形式與一個(gè)不溶性的高分子樹(shù)脂相連，然后以這一氨基酸的氨基作為多肽合成的起點(diǎn)，同其它的氨基酸已經(jīng)活化的羧基作用形成肽鍵，不斷重復(fù)這一過(guò)程，即可得到多肽。根據(jù)多肽的氨基酸組成不同，多肽后處理方式不同，純化方式也有差異。